코스피와 코스닥에서 대주주 판정 기준(지분율·보유금액)이 서로 다른가요?

결론부터 말하면 지분율 기준은 시장별로 다르고, 보유금액 기준은 동일합니다. 상장주식 양도소득세에서 '대주주'는 세법상 지분율 기준과 보유금액(시가총액) 기준 중 어느 하나라도 충족하면 판정되는데^[2], ①지분율은 코스피(유가증권시장) 1% 이상, 코스닥 2% 이상, 코넥스 4% 이상으로 시장마다 다르게 정해져 있고, ②보유금액은 시장 구분 없이 종목당 시가총액 50억원 이상으로 동일하게 적용됩니다^[1]. 즉 코스닥이 코스피보다 지분율 문턱이 두 배 높지만, 50억원이라는 금액 문턱은 세 시장 모두 같습니다.

지분율이 시장별로 다른 이유는 상대적으로 시가총액 규모가 작은 코스닥·코넥스 종목의 특성을 반영한 것으로 이해할 수 있습니다. 판정 방식에서 주의할 점은 두 기준이 'and'가 아니라 'or'라는 점입니다. 예컨대 지분율이 1%에 못 미쳐도 보유 평가액이 50억원을 넘으면 대주주로 과세되고, 반대로 금액이 50억원에 미달해도 코스피 종목 지분을 1% 넘게 보유하면 대주주가 됩니다. 또한 이 지분·금액은 본인만이 아니라 특수관계인(배우자, 직계존비속 등) 보유분을 합산해 계산한다는 점도 함께 확인해야 합니다.

판정 시점은 원칙적으로 직전 사업연도 종료일(대부분 12월 결산법인은 연말) 현재의 지분율과 시가평가액을 기준으로 하며, 이 시점에 대주주로 판정되면 다음 해에 매도하는 양도차익에 세금이 부과됩니다. 다만 연중에 주식을 추가 취득해 지분율 기준을 넘어서면 그 취득 시점부터 대주주로 보아 이후 양도분에 과세될 수 있습니다. 세율은 과세표준 3억원 이하 20%, 3억원 초과분 25%(지방소득세 별도)가 적용됩니다. 구체적 판정과 세액은 보유 현황·특수관계인 범위·결산월에 따라 달라지므로, 실제 적용 시에는 국세청 안내나 세무 전문가의 확인을 받는 것이 안전하며 최종 판단과 책임은 투자자 본인에게 있습니다.